周回プレイ † 
「周回プレー」を選ぶと、現在の成長データや
アイテムデータなどを継続したまま、
ゲームを最初から遊ぶことができます。
ラスボスを倒した後にセーブしたデータをロードすると、
上記メッセージと共に「周回プレー」の選択肢が出現します。
(クリア時にそのまま「周回プレー」に移行することもできます)
周回プレイの特徴・変更要素 † 
- ゲーム難度の変更
- 周回毎に難度が一つずつ解禁。
- ノーマル(1周目。基本の状態)
- ハード(敵HP4倍? 経験値とゴールドの取得倍率が1.5倍)
- スーパー(敵HP8倍? 経験値とゴールドの取得倍率が2.5倍)
- ゴッド(敵HP16倍? 経験値とゴールドの取得倍率が5倍)
- ヘブン(経験値とゴールドの倍率はゴッドと同じだが、強さはノーマル)
- ゲーム開始後でもコンフィグから自由に変更可能。
- 一周目で侵入できなかった一部マップが開放。
- 一周目で出現しなかった追加賞金首が登場。(前周クリアした際の難度も関係あり)
- 埋蔵アイテム・宝箱の内容がその周回の専用のものに刷新される。
- 戦車の設計図のみ、その周回で入手しなかった場合は後の周回に持ち越しされる。
- 設計図入手後の周回は、以後中身が大破壊前の文献(+50)に固定される。
- モンスターのドロップアイテムは周回プレイのものに置き換わる。
- 一部の物は宝箱からの入手や、ドロップ先が別の敵に変更されているなどで補完されている。
- 超改造システムの解禁。
- 正確には一部の敵から超改造合金というアイテムがドロップするようになる。
- 道具として使用するとパーツの「超改造率」という数値が上昇、100%になるごとに名前に「+◯」が加算される(最大+99)。
- 超改造率は、超改造合金Sで10%、Mで30%、Lで100%上昇。
- 前の周で取得したクルマは、同じものを同じ場所で改めて回収できる。
- これにより前周で初期装備を売ってしまった場合でも再入手可能。ビートル(バギーの初期エンジン)の改造版などを穴埋めし忘れた場合に。
- 戦車が飽和状態(最大64台)になったら適宜不要なものを解体するか、むやみに回収しようとしないなどで対応。
- 特に周回ブレイでは新たな強い戦車の設計図が入手できるので、思い入れがないなら高難易度に対応するためそちらに切り替えた方が良い。
- ※ネフテク装備は周回しても同種を複数入手できない。
- 入手した後はネフィリムウォールのドロップがネフィリム変異核に変更され、落とさなくなる。
引継ぎ要素 † 
引き継ぐデータ † 
クリア時そのままです。
- 主人公を含む各キャラクターのデータ
- 名前・職業・レベル・職業レベル・装備品・セットした特技など全て。
- 戦車
- 所持金・てつクズ・ハイテクスクラップ
- アイテム(ストーリーモードではイベントアイテムはなくなります)
- スゴ腕チャレンジ・スゴ腕ポイント
- 戦歴の一部(撃破数、最大獲得経験値〜迎撃成功の最大回数)
- モンスターの撃破数がそのままなので撃破数ボーナス限定品は1個限定。
- 称号
- トラベルマップの開示状況
- 踏破した部分の地図が明るくなっており、リメインズの位置が表示されています。
- テクノロジー・レベル
- 戦車の設計図
- ライブラリー
- モンスターリストのドロップアイテムはその周回のものに置き換わる。
引き継がれないデータ † 
- 戦歴の一部(WANTED情報・獲得賞金・経過日数・絶滅指数)
- ベスターポートの登録状況
- ストーリークエスト
- クリアフラグ
- 再度クリアすればフラグが経つ。それまでは難易度の変更のみ可能。
- 埋蔵アイテム・宝箱・戦車の取得状況
周回プレーへようこそ!
どちらのモードで遊びますか?
「周回プレー」を選択後、上記選択肢から「ストーリーモード」「ハンターモード」を選択します。
ストーリーモード † 
引き継いだ要素・周回プレーによる変更点以外は一周目と同じ内容
- 所持していたイベントアイテムはなくなる。
(マリアの認証キー、技師の手帳など、話を進めることで改めて入手します。)
- クルマは全て格納庫に入っており、改めて初期状態の「Rウルフ(紅の復讐者)」を入手して始まる。
- 格納庫のクルマ自体はしばらく使えませんが、装備品は「クルマ装備」から引っぺがせます。
特性チップは前周ラストの状態でクルマが装備したまま格納庫に入っており、回収できません。
備考
- 格納庫の利用・戦車の製造ができるのようになるのはヨッキィが仲間になってから。
- ニューロ・タンクを利用できるのはトニが仲間になってから。
- ネフテク装備の「セットアップ」はネフテク・レーダーを手に入れてから。
- 各キャラクターの装備は前周ラストの状態のままで、加入していない仲間の装備は回収手段がありません。
- 最初のイベントで主人公の名前を改めて付けることができます。
ハンターモード † 
ストーリーモードとの違い
- 仲間は全員加入済みで、パーティーや車の編成は前周クリア時のままで始まる。
- ストーリーが必要最小限に簡略化…というか話と言えるようなものはない。
- 『いまや絶滅危惧種となった人類の滅亡を防ぐため、一匹でも多くのモンスターを倒せ!』
- ストーリーで出現するボスが最初から出現済み。
- ストーリーモードでの出現位置付近に陣取っています。一部を除き射撃モードで撃てます。
- ストーリーモードでは話の展開上逃走不可だった敵から逃げられる場合があります。
- アイアンベースの施設は最初から使える。
- 主人公をパーティから外せるようになる。
- 一部のクルマの入手法。
- 初期状態の「Rウルフ(紅の復讐者)」が海底トンネルに置いてある。(ストーリーモードのオープニングイベントと同じ)
- イベントで入手する「22式対空戦車(タイクーくん)」だけはハンターモードでは手に入らない。
- ベスターポート「清州アンダーブリッジ」と「リブロドーム」が登録済み。
- ストーリーモード(周回)では手元からなくなるイベントアイテムを持ったまま。(なぜか金属探知機が一つ増える)
- ストーリーでは認証キー入手イベントまで侵入不可の防爆シャッターをすぐに開くことが可能。
- ヴラドイーストのシャッターも最初から空いている。認証キーはあるのでヴラドイースト自体を無視してシブ廃の先に向かってもOK。